Главная » 2014 » Август » 23 » Скачать Оценка генетического разнообразия фитопатогенных бактерий рода Xanthomonas и разработка молекулярных маркеров для их диагностики. бесплатно
6:33 AM
Скачать Оценка генетического разнообразия фитопатогенных бактерий рода Xanthomonas и разработка молекулярных маркеров для их диагностики. бесплатно
Оценка генетического разнообразия фитопатогенных бактерий рода Xanthomonas и разработка молекулярных маркеров для их диагностики
Диссертация
Автор: Пунина, Наталия Владимировна
Название: Оценка генетического разнообразия фитопатогенных бактерий рода Xanthomonas и разработка молекулярных маркеров для их диагностики
Справка: Пунина, Наталия Владимировна. Оценка генетического разнообразия фитопатогенных бактерий рода Xanthomonas и разработка молекулярных маркеров для их диагностики : диссертация кандидата биологических наук : 03.00.07 / Пунина Наталия Владимировна; [Место защиты: Моск. гос. ун-т им. М.В. Ломоносова] - Москва, 2009 - Количество страниц: 188 с. ил. Москва, 2009 188 c. :
Объем: 188 стр.
Информация: Москва, 2009
Содержание:
ВВЕДЕНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ, ИСПОЛЬЗОВАННЫХ В РАБОТЕ
ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
Глава 11 Фитопатогенные бактерии рода Xanthomonas
111 Бактерии рода Xanthomonas
112 Систематика бактерий рода Xanthomonas
113 Генетическая изменчивость бактерий рода Xanthomonas
114 Патоварианты видов X campestris,X vesicatoria и X arboricola как примеры разного состава таксонов и изменчивости бактерий
Глава 12 Методы диагностики фитопатогенных бактерий
121 Фенотипические методы
1211 Тесты на патогенность
1212 Биохимические методы исследования38 >
1213 Методы серотипирования и изоферментного анализа
122 Генотипические (биомолекулярные) методы диагностики
1221 Определение содержания гуанина и цитозина в молекуле ДНК
1222 ДНК-ДНК и РНК-ДНК гибридизация нуклеиновых кислот
1223 Методы ДНК фингерпринтинга
1224 ПЦР со специфичными праймерами
1245 Методы, основанные на анализе первичных последовательностей нуклеиновых кислот
123 Интегральная диагностика
124 Ген субъединицы Б фермента ДНК гиразы
125 Цитохром Р450 редуктазы бактерий
126 Посттрансляционная модификация у патогенных бактерий
Регион Хсс000б-0007
1261 Посттрансляционная модификация и модификаторы
1262 Регион Хсс000б-0007 бактерий рода Xanthomonas
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
Глава 2 Материалы и методы исследования
21 Объекты исследования
22 Изучение физиологических признаков бактерий рода Xanthomonas
221 Проверка вирулентности бактерий
222 Изучение биохимических свойств бактерий
223 Статистическая обработка данных
23 Условия культивирования бактерий и выделения препаратов ДНК из биомассы
24 Генетический анализ
241 ПЦР с использованием праймеров к гену 16S рРНК и межгенному региону 16S- 23S рРНК ITS
242 ПЦР с использованием праймеров к гену gyrB
243 ПЦР с использованием праймеров к гену cytP-450 семейства 133B3/B
244 ПЦР с использованием праймеров к региону Хсс0006-0007
25 ПЦР с использованием праймеров к гену avrXccC
26 Очистка ПЦР-продуктов в агарозе
27 Клонирование ПЦР-фрагментов
271 Приготовление компетентных клеток
272 Лигирование
273 Трансформация клеток плазмидной ДНК
274 Выделение плазмидной ДНК
275 Рестрикционный анализ плазмидной ДНК
28 Секвенирование фрагментов генов
29 Биоинформационный анализ данных
РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЯ
Глава 3 Оценка фенотипического (физиологического) разнообразия бактерий рода Xanthomonas
31 Биохимические свойства изучаемых штаммов Xanthomonas spp
32 Исследование штаммов на патогенность
Глава 4 Оценка генетического разнообразия исследуемой коллекции Xanthomonas spp и нуклеотидных последовательностей генов, выбранных в качестве молекулярных маркеров
41 Генетическое разнообразие последовательностей гена рРНК
42 Генетическое разнообразие последовательностей idS^iSpPHK ITS
43 Модель вероятной вторичной структуры оперона 16S-23S-5S рРНК ITS
44 Генетическое разнообразие последовательностей гена gyrB
45 Генетическое разнообразие нуклеотидных последовательностей З'-конца гена gyrB бактерий рода Xanthomonas
46 Генетическое разнообразие последовательностей гена gyrB для бактерий рода Xanthomonas spp в Российской Федерации
47 Генетическое разнообразие последовательностей регионаХсс000б-0007
48 Генетическое разнообразие последовательностей гена cytP-450 сем
CYP133B3/B4
Глава 5 Изучение изменения бактериального фенотипа
Делеция гена авирулентности avrXccC
51 Появление расы 6 в результате индуцированной мутации изолята расы 1 X campesrtis pv campestris
52 Генетическое изучение индуцированной мутации/делеции гена avrXccC
53 Вероятные механизмы встраивания и делеции гена avrXccC
X campestris pv campestris
Глава 6 Создание молекулярных маркеров для диагностики Xanthomonas spp
61 Создание молекулярных маркеров для диагностики бактерий рода Xanthomonas на различных таксономических уровнях
62 Проверка специфичности системы праймсров XarF-XarR для представителей вида X arboricola
ВЫВОДЫ
Введение:
По данным FAO доля бактериальных болезней в среднегодовых потерях урожая сельскохозяйственных растений составляет около 30% (FAO, 2005). Бактерии рода Xanthomonas поражают более 400 видов растений (Leyns et al, 1984), что приводит к серьезным экономическим потерям. Род Xanthomonas включает более 27 видов (Vauterin et al, 1997), обладающих сходными физиологическими и генетическими признаками. Из-за отсутствия эффективных химических и агротехнических мер борьбы с бактериозами и недостатка устойчивых сортов и гибридов, ранняя диагностика бактериального заражения семян и посадочного материала является ключевым способом снижения вредоносности заболеваний. В большинстве случаев бактерии рода Xanthomonas специализируются на определенном виде/роде растений, но некоторые растения поражаются сразу несколькими видами патогена, а некоторые виды бактерии заражают растения различных семейств и классов. В последние годы наблюдается повсеместное усиление вредоносности бактериозов, что является результатом нескольких факторов: 1) появления новых агрессивных штаммов фитопатогенных бактерий, которые поражают более широкий круг сельскохозяйственных культур; 2) глобального потепления климата; 3) глобального распространения наиболее вирулентных штаммов из-за расширяющихся международной торговли и туризма; 4) внедрения индустриальной технологии растениеводства, включающей применение гибридных семян от международных производителей, распространения однородных генотипов сельскохозяйственных культур в различных странах, централизованного-выращивания рассады и механизированной обработки полей (Ежегодник ГЭП, 2006, www.unep.org/GC/GCSS-IX/Documents/K0584231 .r.doc). В связи с этим проблема идентификации фитопатогенов становится все более актуальной при диагностике зараженности материала.
Недостатком применяемой диагностики является тестирование штаммов на одном таксономическом уровне, часто только для узкой клональной группы штаммов фитопатогенных бактерий. К тому же, диагностика фитопатогенных бактерий затруднена присутствием на растении эпифитных бактерий родственных видов со сходными физиологическими и генетическими признаками (Vauterin et al, 1997). Применение интегрального анализа, куда входят фенотипические и молекулярные методы для разных таксономических уровней, позволит диагностировать штаммы не только ожидаемых групп бактерий, но и новых, потенциально вирулентных.
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ, ИСПОЛЬЗОВАННЫХ В РАБОТЕ а/к - аминокислоты
АТФ, АДФ — аденозинтрифосфорная/аденозиндифосфорная кислота
ГЦ — молярное содержание суммы гуанина и цитозина в процентах от общего количества оснований ДНК
ГП - горизонтальный перенос
ДНК — дезоксирибонуклеиновая кислота
ЖК — жирные кислоты иРНК, рРНК, тРНК - информационная/рибосомальная/транспортная рибонуклеиновая кислота
ЛПС — липополисахариды
МДМ - молекулярно-генетический маркер
ПААГ — полиакриламидный гель
ПААГ-ДСН — полиакриламидный гель с додецилсульфатом натрия
ПААГ-PFGE - гель-электрофорез в пульсирующем поле п.о. - пара оснований
ПЦР - полимеразная цепная реакция
ЭПС — экзоплисахариды
СТАВ - цетилтриметиламмонийбромид, цетавлон ТАЕ-буфер - буфер, содержащий Трис, ацетат и ЭДТА Трис — триоксиметиламинометан ЭДТА — этилендиаминтетраацетат
AFLP - анализ полиморфизма длины амплификационных фрагментов ARDRA - анализ рестрикции амплифицированной рибосомальной ДНК ВОХ-ПЦР - амплификация поторяющихся BOX последовательностей DAF — фингерпринтинг на основе амплификации ДНК dNTP - дезоксинуклеозидтрифосфат
FAME - анализ профилей метиловых эфиров жирных кислот FAO — продовольственная и сельскохозяйственная организация ООН IPTG — изопропил-p-D-l -тиогалактопиранозид MLST - мультилокусное секвенирование
NBS-LRR — нуклеотид-связывающий сайти область лейцин-обогащенного повторяющегося мотива
PR(s) - белки, связанные с патогенезом
RAPD-ПЦР - случайная амплификация полиморфной ДНК
RFLP - анализ полиморфизма длины фрагментов рестрикции
SCAR-ПЦР — амплификация с применением геном-специфичных маркеров
SDS - додецилсульфат натрия
SNP — полиморфизм одного нуклеотида
T-RFLP - анализ полиморфизма длин терминальных фрагментов рестрикции X-Gal — 5-бром-4-хлор-3-индолил-бета-0-галактопиранозид
ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
